第一次，128集-134集。

第二次，695集-698集。

详情内容：

1、 128集-134集：佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决定无论用什么手段都要把佐助带回村子。

两人开始战斗，一开始佐助稳占上风，后来鸣人使用体内九尾的力量压制佐助，但佐助的写轮眼升级，又再度将鸣人击倒。这时鸣人体内的九尾查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则直接变成咒印状态，外貌好像鹰。 两人各自使出绝招——鸣人九尾形态的红色螺旋丸和佐助咒印状态的黑色千鸟在终结之谷的大瀑布上对拼。

僵持状态下，佐助击中鸣人，而鸣人只在佐助的护额上划出了一条裂痕。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。 战斗以佐助的胜利而告终，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。佐助离开了鸣人，来到大蛇丸身边。

2、695集-698集：六道仙人希望两人能同心协力，解开无限月读，但佐助却突然宣称自己要发动“革命”。鸣人、佐助重返终结之谷对决，经过一番大战之后，以两人各断一臂收场。佐助终于认同了鸣人的道路，承认败给鸣人，随后二人解开无限月读。

大战结束，但佐助并未就此和鸣人一起解除无限月读，而是扬言要将现任五影处以极刑，接着使用幻术和地爆天星封印了九大尾兽。鸣人决定出面制止佐助，两人前往终末之谷展开宿命的最终决战。佐助否认了鸣人追求和平的方式，认为要真正实现和平，应独自背负着全世界的仇恨，使忍界有一个公敌，才能让人们团结起来。而鸣人是他现存唯一的羁绊。只有亲手杀死鸣人，才能完成他的这一目标。

经过一天一夜的激烈鏖战，二人均失去了半只手臂，而且都身受重伤不支倒地。面对如此坚持制止他的鸣人，佐助表示自己对于鸣人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了结来赎罪，鸣人则告诉佐助自己早已将他视为朋友，所以无论如何都会分担他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助继而回忆起迄今为止和鸣人邂逅的点点滴滴，最后笑着承认鸣人才是这场对决里真正的赢家。之后樱和卡卡西抵达终末之谷，为重伤倒地的二人疗伤。

佐助首次坦然接受内心感情，为先前所铸下的错误向樱致歉，并且和鸣人一起解开了无限月读，救出了深陷幻术中的世人。返回村里休养直至康复后，佐助告知卡卡西和樱他即将再度启程，远行他方看一看曾经因为自己被仇恨蒙蔽了双眼而错过的人和事。佐助婉拒了樱希望与之同行的请求，并答应自己会再度归来。才离村没多久，鸣人出现在佐助的面前，交还当初被自己用螺旋丸划过的木叶护额。佐助收下护额，承诺履行忍者的职责，两人就此告别。